Um Keime zu reduzieren und auch an den tiefsten und nicht gut zugänglichen Stellen der Zahnfleischtaschen zu erreichen, kann die Behandlung oft durch eine zusätzliche Antibiotika-Therapie oder die Verabreichung spezieller Antibiotika in die Zahnfleischtaschen unterstützt werden.
Durch das Einbringen von Chlorhexidin-Präparaten in die infizierten Zahnfleischtaschen wird ebenfalls eine Verringerung der Bakterien erzielt. Die Initialtherapie kann durch Spülen mit bakterienreduzierenden Lösungen unterstützt werden. Entsprechend der geplanten Therapie werden patientenspezifische Maßnahmen zusammengestellt.
Voraussetzung für eine Therapie mit Antibiotika sind eine optimale Belagkontrolle und die gewissenhafte Mitarbeit des Patienten. Verlorene Gewebe werden bei der klassischen Parodontaltherapie nur bedingt zurück gewonnen. Ist der Substanzverlust groß, muss nach Abschluss der beschriebenen konservativen (konventionellen) Therapie durch chirurgische Eingriffe neues Gewebe aufgebaut werden.